BizTalk Server 2006 は、2004年以来のメジャーアップデートになる。BizTalk Server 2006 製品管理担当ディレクタ Steven Martin 氏によると、同ソフトウェアは、顧客が Web サービスを掌握し実戦的なビジネスプロセスとして活用できるよう支援する、多くの新機能を持つという。
BizTalk Server 2006 は、新たなセットアップ機能および構成機能を備えるため、インストールや構成が簡単であるとともに、現行版の『BizTalk Server 2004』からのアップグレードも容易だ。ポータルを介した新型の統合管理コンソールは、監視機能と展開機能が拡張されており、管理者が Microsoft Windows インストーラを使って、アプリケーション全体を「.msi」ファイルとしてパッケージ化することなども可能になっている。