NEC、理化学研究所とグリッド技術利用のバイオ解析ツール共同研究

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日本電気株式会社（NEC）と NEC 情報システムズは2004年4月5日、 独立行政法人理化学研究所と、 グリッド技術をバイオインフォマティクス分野に適応してライフサイエンス研究を効率化する共同研究の実施で合意、 共同研究契約を締結した、と発表した。

共同研究の目的は、 グリッド技術をバイオインフォマティクス分野に適応することで、 BLAST 検索などの相同性検索をはじめとしたバイオ解析ツールの運用を効率化、 現実のサービスとして提供できる信頼性の高いシステムを構築すること。

国内最大級のグリッドシステム「OBIGrid」（Open BioInformatics Grid）上での遺伝子やタンパク質の相同性検索サービス「GridBLAST」をテストベッドに、 グリッドサービスに最適な課金方式と信頼性向上方式について、 検討/実装/評価を行う。

理化学研究所ゲノム科学総合研究センター（Genome Sciences Center：GSC）ゲノム情報科学研究グループでは、 グリッド対応 BLAST 検索サービス（GridBLAST）の運用を1月から開始しており、 このサービスに使われているコンピュータ資源は、 OBIGrid　に接続された GSC、東京工業大学、 NEC の各 PC クラスタ。 BLAST 検索実行に利用されるプログラムは、 NECの Homology Searcher（PC クラスタ用にチューニングされた並列型 BLAST）をベースに、 NEC 情報システムズがグリッド対応の開発部分を担当した。

OBIGrid は、 バイオインフォマティクスの推進を目的に立ち上げられたもので、 文部科学省科研特定領域研究ゲノム情報科学「ソフトウェア高速化および共有化委員会」と、 企業コンソーシアム「並列情報処理イニシアティブが母体となって開発しているグリッドシステム。

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